Năm 1990, năm 19 tuổi, Shannen bắt đầu giành được danh tiếng và sự quan tâm chú ý của khán giá thế giới qua vai diễn đột phá Brenda Walsh trong phim truyền hình của nhà sản xuất Aaron Spelling, Beverly Hills, 90210. Năm 1991 và 1992, vai diễn này đã giúp cô nhận 2 đề cử cá nhân cho Nữ Diễn viên Trẻ xuất sắc nhất trong phim Truyền hình tại giải Nghệ sĩ Trẻ, còn gọi là Young Artist Award.[4]

Tháng 2 năm 1992, Shannen Doherty xuất hiện trên trang bìa của tạp chí danh tiếng lẫy lừng Rolling Stone cùng hai người bạn diễn nam trong phim Beverly Hills, 90210.[5]

Năm 2004, kênh truyền hình E! nêu tên vai diễn này tại vị trí thứ 10 trong danh sách 50 Người phụ nữ tinh quái nhất của lịch sử truyền hình đương đại[6] mặc dù Doherty đã ngừng tham gia sau phần 4 năm 1994 do bất đồng với bạn diễn. Nhân vật của cô được viết lại rằng đã chuyển tới London và du học tại Học viện Kịch nghệ Hoàng gia.

Trong khi sự vắng mặt của nhân vật Brenda ban đầu được miêu tả là một năm nhưng nhân vật này không bao giờ trở lại trong bộ phim gốc dù được nhắc tới liên tục trong các phần tiếp theo. Ngôi sao Tiffani Thiessen của phim Saved by the Bell thế chỗ trống của Shannen với vai Valerie Malone, tuy vậy, chỉ số người xem không còn được duy trì như trong 3 phần đầu với Shannen. Sự nghiệp của cô sau đó căn bản chỉ bao gồm thể loại điện ảnh. Năm 1995, Shannen thủ vai chính trong Mallrats của Kevin Smith.

Năm 1998, Aaron Spelling quay lại mời Shannen và phân vai cho cô trong một bộ phim truyền hình khác của ông, Phép thuật (phim truyền hình). Trong bộ phim này, Shannen thủ vai chính Prue Halliwell, cô chị cả trong ba chị em tình cờ phát hiện ra thân phận phù thủy. Doherty cũng đạo diễn một số tập trong phần 1, 2, 3.

Năm 2001, Doherty ngừng tham gia bộ phim truyền hình này sau phần 3. Nguyên nhân được thông báo từ hai bạn diễn còn lại là từ mối quan hệ giữa Shannen và Alyssa Milano. Theo Holly Marie Combs, bạn diễn kiêm bạn thân của Shannen, mối quan hệ giữa Shannen và Alyssa không tồn tại căng thẳng hoặc xung đột trực tiếp mà do tính cách hai bên. Holly cũng thừa nhận lỗi không thuộc về Shannen hay Alyssa.[7]

Shannen đã 2 lần nhận được đề cử giải Nữ Diễn Viễn Thể Hiện Nhân vật Truyền hình xuất sắc nhất cho diễn xuất của cô trong Phép thuật (phim truyền hình) năm 1999 và 2000 trong giải Sao Thổ thường niên, còn gọi là Staturn Award.[8] Năm 2007, AOL nêu Prue là phù thủy vĩ đại thứ 10 trong lịch sử phim truyền hình.[9]